Lista chronionych gatunków zwierząt obejmuje kilkadziesiąt pozycji, a wśród nich liczne:

• bezkręgowce - należą do nich gatunki z załącznika II Dyrektywy Siedliskowej, np. pachnica dębowa, zalotka większa, poczwarówka zwężona, poczwarówka jajowata, czy też chronione prawem polskim np. czerwończyk dukacik, czerwończyk żarek, czerwończyk uroczek, rusałka pokrzywnik, rusałka osetnik, modraszek ikar, liczni przedstawiciele rodzin czarnuchowatych, ścierkowatych, kusakowatych, obumierków, kuzkowatych i biegaczowatych, mięczaki tj.: poczwarówka bezzębna, poczwarówka rozdęta, poczwarówka prążkowana.

• płazy i gady, m.in. kumak nizinny, rzekotka drzewna, traszka grzebieniasta i zwyczajna, padalec zwyczajny, żmija zygzakowata, jaszczurka zwinka,

• ptaki - na terenie Nadleśnictwa Stare Jabłonki znajduje się jedenaście miejsc rozrodu i regularnego przebywania gatunków chronionych tzw. ostoi. Strefy ochronne utworzono dla bielika (6), orlika krzykliwego (5), kani czarnej (1) oraz kani rudej i kani czarnej (1). Dodatkowo poza strefami ochronnymi w Nadleśnictwie wyznaczone zostały w wyniku inwentaryzacji Natura 2000 tzw. strefy funkcjonalne dla bielika, orlika krzykliwego, bociana czarnego i żurawi. Oprócz ptaków, których znane są dokładnie miejsca gniazdowania występują przedstawiciele z rzędów: nurów, perkozów, pełnopłetwych, brodzących, blaszkodziobych, jastrzębiowych, sokołów, żurawiowych, siewkowców, kuraków, gołębiowych, sów, dzięciołów, wróblowych. Większość gatunków należących do wymienionych rzędów podlega ochronie gatunkowej.

• wśród ssaków bytujących na terenie Nadleśnictwa Stare Jabłonki 11 gatunków podlega ochronie gatunkowej np.: bóbr, gacek wielkouch, mopek, nocek duży, wiewiórka pospolita, wydra, wilk, a 13 objętych jest ochroną łowiecką np. dzik, tchórz zwyczajny, lis, jeleń europejski, borsuk.

Podlegające ochronie gatunki dziko rosnących roślin występujących na obszarze Nadleśnictwa to m.in. porosty, tj. brodaczka, chrobotki, mchy, tj. drabik drzewkowaty, płonniki, merzyki, oraz rośliny naczyniowe, np.: bagno zwyczajne, rosiczka okrągłolistna, widłak goździsty, storczyki.  

Podlegające ochronie gatunki grzybów występujących na obszarze Nadleśnictwa to m.in. soplówka jeżowata, podgrzybek tęgoskórowy.

Przeprowadzona na terenie Nadleśnictwa Stare Jabłonki inwentaryzacja przyrodnicza umożliwiła zlokalizowanie nowych wcześniej nie poznanych miejsc wystepowania: rosiczki okrągłolistnej, bagna zwyczajnego, kruszczyka, widłaka jałowcowatego, przylaszczki pospolitej, mchów, tj.: krótkoszek aksamitny, szydłosz włosowy, krótkosz rowowy, mokradłosz sercowaty. Stwierdzono ponadto obecność bagnicy torfowej,  storczyków: storczyk krwisty i szerokolistny. Niestety do dnia dzisiejszego nie odnaleziono gatunków wymienionych w dyrektywie siedliskowej Natura 2000. Poszukiwania trwają dalej...